Joensuun lyseon peruskoulu on noin 400 oppilaan ja 40 opettajan keskikaupunkialueella sijaitseva yläkoulu, jossa voi opiskella myös musiikki- ja liikuntaluokalla. Koulu toimii vuonna 2006 valmistuneessa rakennuksessa.
Lyseon peruskoulu antaa oppilailleen heidän omien edellytystensä mukaista ja opetussuunnitelmaa noudattavaa opetusta. Tavoitteena on antaa riittävät tiedot ja taidot elämää, jatko-opintoja ja elämänikäistä oppimista varten.